2002年，杜邦与几家研究合作伙伴接受了能源部（DOE）1800万美元的资助，开发生物炼油厂以生产乙醇以及丙二醇和其他化学品原料。它与Tate&Lyle公司仅使用谷物淀粉的项目不同，杜邦与几家研究合作伙伴着眼于将谷物淀粉和谷物纤维素转化为有用的碳水化合物。

　　杜邦公司将组建合资企业，通过将低成本纤维素乙醇推向市场，以发展可再生运输燃料。杜邦公司与乙醇生产商Broin公司于2006年10月初宣布，计划从谷物秸杆生产生物燃料。Broin公司计划将其在衣阿华州地区运转中的6套谷物制乙醇装置中的一套转产为使用谷物和秸杆为原料的生物炼油厂。将使杜邦公司的全球科学与Broin公司的乙醇生产技术结合在一起，推进纤维素乙醇的产业化。该转化装置将投资2.2亿美元，生产1.25亿加仑/年乙醇。预计于2007年投入建设，计划于2009年投入生产。Broin公司的该项目得到美国能源部8000万美元的财政资助。Broin公司将接受杜邦公司的技术转让。在前三年内，杜邦开发的技术工艺包已可有效地将谷物秸杆纤维素中复杂的糖类基质高产率地转化为乙醇。

　　杜邦公司与DOE项目合作伙伴Diversa公司一起开发可将纤维素破解为糖类的酶，并且与DOE所属的美国可再生能源实验室（NREL）合作开发发酵有机物Zymomonas mobilis，该有机物可使来自淀粉的葡萄糖和来自纤维素而难于发酵的木糖生成乙醇。

　　DOE的项目是杜邦公司与乙醇生产商Broin公司于2006年10月初组建的合资企业，将采用杜邦技术投资2.2亿美元将Broin公司现有的一套乙醇装置转变化为生物炼油厂。改造的工厂运营将采用谷物和秸杆替代仅采用谷物。

　　杜邦与BP公司也于2006年6月组建联合体将从生物质生产丁醇。虽然乙醇和丁醇都是醇类，但丁醇有较高的能量含量，可更方便地与汽油调合，同时可调入更高浓度，无需改造汽车。两家公司计划于2007年在英国市场上推出他们用作汽油组分的第一个产品：称为生物丁醇的正丁醇。BP和杜邦与英国食品联合会的成员英国糖业公司合作，将使英国以甜菜为原料的第一套乙醇发酵装置转产3万吨/年（900万加仑/年）丁醇。

　　 杜邦公司加快与BP公司合作，两家公司将使用杜邦公司的科学和技术及其销售经验，将生物丁醇推向市场。杜邦公司认为，当油价在30~40美元/桶之间而再不下降时，由发酵法生产的丁醇具有竞争性。杜邦公司表示，正丁醇的化学结构使其与乙醇相比有几方面的优点，包括低蒸气压和在汽油调合物中耐水污染，使其有利于在现有的分配管网中使用。而乙醇易吸引水分子，并有腐蚀管线的倾向。这样，在它用于与汽油调合时，必须使用汽车槽车、铁路贮罐车或驳船，以相对较小的数量运送。据称，丁醇的另一优点是可以比乙醇高的浓度调入汽油中，而无需改造汽车。它也比汽油-乙醇调合物具有较好的燃料经济性。丁醇可采用与乙醇很相似的发酵工艺生产。丁醇是不同于乙醇的另一种简单的分子，但它也是一种燃料。与乙醇一样，采用大量农业产品可生产丁醇。BP和杜邦可从谷物、小麦、甜菜、甘蔗或高梁制取生物丁醇，从长期看，两家公司可望使用作物纤维素，如谷物秸秆来生产生物丁醇。下一阶段，杜邦正在开发工程性微生物，以用作新技术的催化剂，采用新技术可大大提高原料加工成燃料的转化率，提高发酵设施能达到的丁醇产率和浓度。杜邦公司于2010年可望拥有称为"Gen 2"的生物催化剂。当Gen 2微生物付诸应用时，杜邦将会使这一新技术引入美国。

　　杜邦公司正在开发第二代微生物，以便使甜菜转化为生物丁醇，据美国安全部分析家认为，如油价长期维持在40美元/桶以上，则其具有竞争力。如果维持在50美元/桶以上，则生物丁醇在2011年后的市场机遇将会超过10亿美元。据杜邦公司预测，基于非作物原料的乙醇在2009~2010年将与谷物基乙醇相竞争。