生物柴油原料的供应受到多方面的压力，东南亚的棕榈油由于是一种重要的粮食作物而受到采伐限制，并且由于过量的原料采伐会破坏热带雨林，环保主义者也对生物燃料生产提出反对意见。

　　据悉，全世界只有一小部分潜在的生物柴油可能实现生产。到2010年，生物柴油实际产量可能只能满足全世界1%的柴油需求总量。

　　原料供应成本过高迫使一些项目停产

　　亚洲多数生物柴油生产商已努力实施了今年的新工程。兴建生物柴油厂的成本相对低——即使是规模最大的最现代化的工厂，修建成本也不会超过1亿5千万美元。但是由于其运行的费用较高，许多项目相继闲置下来。

　　澳大利亚最重要的生物燃料生产商澳可再生燃料公司宣布，由于其在澳大利亚西部和南部的两个工厂的生产成本过高，已被迫停止生产。过去六个月中，由于需求上升，动物脂原料价格已从600澳元（553美元）／材积吨攀升至900澳元／材积吨。

　　麻疯树为生物柴油的最佳原料

　　一些生物柴油生产商却则宣称利润可观。中国清洁能源公司本周称原料价格下降、生物柴油转售价格上升使其获得可观的利润。但是该公司使用的很多原料为餐馆废油。

　　大型项目倾向于使用生植物油。有关数据显示，在所有重要的植物油原料中，美国产大豆是最廉价的，亚洲产棕榈油则相对昂贵。从相关专家处了解，麻疯树籽作为燃料原料可应对生物柴油生产商遇到的原料难题。这种坚实的树木几乎能在世界任何地方生长，并且这种果实有毒——即不能作为食物。